A Szuverenitásvédelmi Hivatal kritikája már a megalakulása előtt elkezdődött, főként a Transparency International Magyarország vezetője, Ligeti Miklós részéről. A hivatal célja, hogy megakadályozza a külföldi beavatkozást a magyar belpolitikába, míg Ligeti és mások a kormány félelmeit hangsúlyozzák. A vita középpontjában a külföldi pénzből működő civil szervezetek és azok hatása áll, különösen a Transparency adatai és a kormány forráselvonásai miatt. Teljes cikk (Magyarnemzet)